Медико-санитарная часть основана в 1940 году, с момента создания ОВАШП – Омской военной авиационной школы пилотов.
Первым начальником медицинской службы был В.А. Башкиров. Основной задачей медико-санитарной части является профилактика заболеваний личного состава и медицинское обеспечение безопасности полетов.
В медсанчасти постоянно работают кабинеты хирургии, неврологии, ЛОР, офтальмологии, общей терапии и кабинет функциональной диагностики. На авиабазе в Калачинске действует здравпункт, выполняющий функцию медицинского обеспечения полетов.
Медсанчасть имеет лицензию Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и социального развития № ФС-55-01-001421 от 06 апреля 2016 года на осуществление следующих видов медицинской деятельности: лечебное дело, сестринское дело, доврачебная помощь, лабораторная диагностика, физиотерапия, функциональная диагностика, амбулаторно-поликлиническая помощь в условиях малого стационара и др. Медсанчасть состоит из поликлиники и малого стационара, включающего пять палат на 25 коек. В поликлинике имеется 23 кабинета: невролога, хирурга, терапевта цехово-врачебного участка, терапевта, оториноларинголога, офтальмолога, стоматолога, психолога, начальника МСЧ. Вспомогательные кабинеты: перевязочный, процедурный, прививочный, физиотерапевтический, клиническая и биохимическая лаборатория, кабинет функциональной диагностики.
В своей работе МСЧ взаимодействует с лечебными учреждениями г. Омска (отделениями терапии, хирургии, инфекционных болезней и др.). С целью дополнительного обследования привлекаются узкие специалисты – дерматовенерологи, онкологи, фтизиатры и другие специалисты ЛПУ города.
Каждые 5 лет сотрудники МСЧ проходят переподготовку в центральном медицинском институте гражданской авиации.
В последние несколько лет актуальным направлением работы стала коррекция личности у курсантов, с целью повышения психологической устойчивости будущих пилотов и техников, работающих в условиях повышенной опасности и ответственности.